Au XVIIe siècle, la vie intellectuelle est marquée par de profonds changements dans le mode de diffusion des idées scientifiques, au point que l'on évoque une véritable « révolution scientifique ».
La naissance et le développement des cercles savants favorisent la diffusion des idées scientifiques. La fondation en 1666 de l'Académie des Sciences en France, à l'initiative de Colbert, constitue une étape supplémentaire dans l'institutionnalisation des sciences, substituant ainsi aux académies privées un organe étatique.
A Toulouse, la société des Lanternistes regroupe les érudits de la ville. Ce contexte local favorable nourrira bien évidemment les projets de Riquet.

Parmi eux, François Andreossy, l'adjoint de Riquet, à la fois ingénieur, niveleur, dessinateur et cartographe du canal à l'origine des écluses ; Vauban, ingénieur et économiste, très intéressé par la construction des canaux, va conforter et améliorer l'ouvrage du canal qu'il découvre en 1686 ; Pierre Campmas, fontainier de Revel, qui de par sa connaissance des eaux de la Montagne Noire, va impulser à Riquet l'idée de la conception de l'alimentation en eau du canal.
Pendant près de quinze ans, 12 000 ouvriers travailleront à la réalisation du canal. Les hommes et les femmes employés sur le chantier (ouvriers et paysans locaux) sont répartis en sections formant des ateliers administrés par un contrôleur général. L'ensemble des travaux se fait manuellement, à la pelle et à la pioche. La terre est transportée dans des paniers ou des civières, la poudre est utilisée pour faire exploser la roche.

Le colossal chantier du canal requiert de nombreux corps de métiers : maçons, tailleurs de pierre, forgerons, maréchaux-ferrants…  Les ouvriers enrôlés en grand nombre bénéficient toutefois de conditions de travail relativement favorables pour l'époque, notamment en ce qui concerne les salaires, les jours de repos, les jours chômés ou de maladie.
Toutefois, ces conditions de travail en avance sur leur temps sont à nuancer : le creusement du canal reste un travail excessivement pénible et épuisant et les conditions les plus avantageuses n'ont peut-être pas été accordées en permanence.

Aussi Riquet a dû dans un premier temps recourir à un financement personnel prélevé sur sa propre fortune, relayé ensuite par le Trésor Royal et par les Etats du Languedoc.
C'est par l'entremise de l'archevêque de Toulouse, Monseigneur d'Anglure de Bourlemont, que Riquet rencontra, en 1662, Colbert, intendant des finances du roi Louis XIV. Séduit par la perspective de l'intérêt politique, économique et militaire d'un tel ouvrage, il décida de consacrer les années 1663 à 1665 à la faisabilité du projet dont le coût s'élève à 3,6 millions de livres. Au terme d'expérimentations convaincantes, Louis XIV ordonna la construction du Canal en 1666.

Après d'âpres discussions, un financement fut trouvé à hauteur de 40% pour l'Etat, 40% pour les Etats du Languedoc et 20% pour Riquet. En contrepartie Riquet demanda la propriété et les droits d'exploitation du canal.
Le règne de Louis XIV est marqué par une volonté forte de transformation et de prestige du royaume. Dans ce contexte d'affirmation de l'absolutisme royal, le Canal des Deux Mers se situe dans le cadre de la réorganisation économique du royaume voulue par Colbert.
En faisant le lien entre Atlantique et Méditerranée, sans que désormais le contournement de la péninsule ibérique ne soit indispensable, il affaiblit de fait la puissance du royaume d'Espagne et génère de formidables profits qu'un ancien Fermier Général ne peut avoir ignoré au moment même de la conception du projet.

Dès sa mise en service, le canal est utilisé pour le transport des voyageurs et du courrier. Des bateaux, tirés par des chevaux sur les chemins de halage, permettent le transport des passagers dans des délais relativement courts et en toute sécurité, pour une somme relativement modique.
En outre, le canal relance le commerce du blé et du vin en Languedoc. Il permet aussi l'importation en Languedoc de denrées venues d'autres régions du royaume. A l'ouverture du canal, ce sont surtout de longues barques, halées par des chevaux, qui transportent les marchandises. Le tarif du transport varie selon ce qui est transporté, blé, vin, bois, charbon, passagers.
Cependant, même si le canal a effectivement impulsé une dynamique économique au Languedoc, région longtemps secouée par de violents conflits religieux ou politiques (Fronde, guerres de religions), il ne sera jamais la grande voie internationale d'échanges imaginée et souhaitée par Riquet et les rois de France.